A Assembleia Geral e o Conselho de Administração da Tabôa são compostos por membros da comunidade e dos investidores.

No primeiro biênio, a Tabôa foi presidida por José Adolfo de Almeida Neto, professor do Programa de Desenvolvimento de Meio Ambiente da Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC), e teve como Vice-presidente Marcel dos Santos, empresário local.

Após o primeiro biênio, foi presidida por Rui Rocha Barbosa e Jane Lima dos Santos (Vice-presidente), Branca Maria Vianna Moreira Salles, Antônio Augusto Cabral Paraíso Martins, José Adolfo de Almeida Neto, Maria Regina Santos, Ricardo Dórea Gomes da Costa e Anna Carolina Vicente (Conselheiros).

Rui Rocha passou a presidência para Cândido Azeredo, com Jane Lima dos Santos como vice-presidente. Além dessas instâncias de decisão, a Tabôa inovou ao criar o Comitê Comunitário, composto por lideranças locais, que apoia a organização na elaboração e decisão dos investimentos socioambientais.

Durante dois ciclos, Fernando Rossetti esteve à frente do Conselho de Administração que, em 2023, passou a ser presidido por Claudiana Figueiredo. Maria Regina Santos permanece na vice-presidência ao longo dos ciclos desses dois conselheiros. A direção executiva é exercida por Roberto Vilela de Moura Silva.